Caractériser en détail les génomes des phages
L’annotation des génomes de phages est incontournable pour évaluer l’inocuité de leur utilisation en phagothérapie. Cette étape permet de détecter les gènes potentiellement dangereux pour les patients ou l’environnement, comme les gènes de résistance aux antibiotiques ou les gènes de virulence.
Ce travail est traditionnellement réalisée à l’aide d’outils conçus pour étudier les génomes bactériens. La structure particulière des génomes des phages et le manque de gènes de phages annotés dans les bases de données publiques ne permettent cependant pas à ces approches de produire de bons résultats. Afin de permettre une utilisation en sécurité de la phagothérapie, nous proposons une gamme de méthodes robustes et adaptées aux phages pour la caractérisation de leurs génomes.
Sélectionner la bonne souche bactérienne pour produire des phages
Les souches bactériennes utilisées pour l’élaboration d’un produit de phagothérapie sont susceptibles de libérer des prophages. Ces phages dormants peuvent contaminer les phages en production, ainsi que les modifier génétiquement. Le lot produit n’est alors pas compatible avec une utilisation thérapeutique. La présence des prophages peut cependant être prédite en étudiant l’ADN des souches hôtes. Notre solution d’analyse associe plusieurs approches algorithmiques et manuelles et permet de différencier les prophages vestigiaux des prophages actifs.
Ils nous font confiance
