Rendre accessible la bio-informatique haute performance
Rime Bioinformatics développe des services permettant d’accélérer la recherche médicale, agronomique et vétérinaire pour mettre au point des alternatives aux antibiotiques.
En plus des longues phases de recherche in vivo et in vitro, ces projets de recherche nécessitent des phases in silico sur lesquelles les laboratoires peuvent être en difficulté.
Les outils d’analyse de données de séquençage d’ADN ou d’ARN sont en effet difficiles d’accès pour les biologistes et les informaticiens : ils nécessitent des compétences poussées en informatique et en biologie qui sont difficiles à maitriser pour une seule personne. L’importante puissance de calcul nécessaire pour exécuter ces logiciels abondants et en constant renouvellement constitue un obstacle supplémentaire pour accéder à des analyses de précision.
Pourtant, les analyses bio-informatiques jouent un rôle clef pour le développement de nouveaux médicaments humains, vétérinaires ou agricoles surs d’utilisation. Les organismes de régulation tels que l’EMA et la FDA exigent ainsi des analyses poussées avant la mise sur le marché de nouveaux remèdes. Si ces études ne sont pas de qualité satisfaisante, l’accès au marché être ralenti ou bloqué. Pour la sécurité des patients, la sauvegarde de l’environnement et l’avancée de la recherche, des analyses bio-informatiques accessibles et de haute performance sont nécessaires.
Combattre les résistances aux antibiotiques grâce à la phagothérapie
Les antibiotiques sont notre moyen de lutte principal contre les infections bactériennes, en santé humaine, vétérinaire, ainsi qu’en agronomie. Leurs bienfaits ne se limitent pas à sauver des patients : la protection qu’ils assurent aux exploitations agricoles préserve les revenus des fermiers et la sécurité alimentaire des communautés qui en dépendent.
Les résistances bactériennes aux antibiotiques poussent cependant ces derniers vers le déclin. Sans solution, l’ONU prévoit 10 millions de morts chaque année en 2050 et un coût pour l’humanité entre 2015 et 2050 estimé à 100 000 Milliards USD.
Les bactériophages (ou phages) sont des virus tueurs de bactéries, découverts au début du XXème siècle. Ils peuvent être utilisés pour contrôler les bactéries dans de nombreux domaines : santé humaine, sécurité sanitaire des aliments, agriculture, élevage, cosmétique : c’est la phagothérapie. Ils constituent une alternative aux antibiotiques efficace et plus respectueuse de l’environnement.
La bio-informatique pour la phagothérapie
La bio-informatique est est la science de l’analyse de données produites par la recherche en biologie. Pour la recherche en phagothérapie, elle permet l’étude des acides nucléiques des phages (ARN ou ADN) et la prédiction de leur comportement biologique. Avant d’utiliser un bactériophage comme traitement antibactérien, il est indispensable de l’étudier en détail, in vivo, in vitro, et in silico. Cette étude permet de s’assurer que les phages sont utilisables sans danger pour l’environnement ou les patients. Les études des génomes de phages publiées actuellement laissent pourtant une importante part d’inconnu : chez les phages infectant le genre Vibrio, moins de 24% des fonctions des gènes des phages en moyenne sont par exemple connues. Pour permettre une utilisation de la phagothérapie en sécurité et accélérer le développement de ces alternatives aux antibiotiques, nous avons développé une gamme de pipeline permettant d’étudier avec précision les génomes des phages.
Rendre la bio-informatique haute performance accessible
Les outils utilisés en bio-informatique sont généralement difficiles à installer, souffrent d’interfaces complexes d’utilisation et requièrent d’importantes puissances de calcul pour certaines analyses. Ces logiciels sont également le produit d’une recherche très active : ils sont en évolution rapide et sans cesse remplacés. Ces particularités rendent laborieux l’accès à des analyses de qualité pour les chercheurs en biologie.
Notre mission est de rendre la bio-informatique haute performance accessible. Pour cela, nous suivons et évaluons en continu les dernières avancées du domaine et développons nos propres outils afin de fournir des résultats précis. Ces derniers sont rendus dans des rapports clairs et adressés aux biologistes que nous accompagnons dans leurs recherche.
Nos partenaires
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