Rime Bioinformatics
Rendre la bio-informatique haute performance accessible
Nous transformons les données génomiques en solutions pour la phagothérapie, les fermentations industrielles et la recherche sur le microbiome.
Pourquoi existons-nous ?
La recherche a besoin d’analyses rigoureuses, produisant des solutions, au-delà des résultats bruts.
Derrière chaque procédé biologique se trouve un génome, portant l’information du fonctionnement de ce procédé.
Cette information est rarement exploitée. Plusieurs expertises difficiles à combiner sont en effet requises pour la lire : biologie, génomique, analyse de données, développement logiciel. Les projets de recherche comme les projets industriels sont souvent limités par des outils et des pratiques qui peinent à traiter efficacement les données génomiques et à produire des analyses de qualité.
Ces analyses de moindre qualité ont un impact pour la société : la recherche est ralentie et plus coûteuse, et ses bénéficiaires (patients, environnement) attendent.
En tant qu’anciens clients – déçus – de prestataires de bio-informatique, et scientifiques engagés, nous croyons en une nouvelle génération de solutions génomiques, capables de révéler des informations plus profondes, de permettre des décisions plus pertinentes et de stimuler l’innovation dans la recherche académique, la santé et l’industrie.
Notre réponse
Développer les analyses les plus performantes, accompagner nos partenaires dans la valorisation des résultats.
À l’encontre des prestataires qui exécutent des pipelines librement disponibles « one size fits all » pour leurs clients, nous développons nos propres outils. Ceux-ci comblent les lacunes des logiciels disponibles actuellement, afin de proposer des analyses à la pointe de l’état de l’art.
Ces résultats sont ensuite interprétés par des docteurs, experts dans leur conversion en solutions activables pour nos clients. Nos livrables prennent la forme de rapports didactiques, et de collaboration sur le long terme sur la résolution du problème de nos clients.
Ce que cela change pour vous
- Recevez des résultats actionnables pour la prise de décision
- Exploitez nos rendus sans être un expert en bio-informatique
- Dérisquez vos projets de R&D en investissant dans des données fiables
Services
Analyses génomiques haute performance pour la phagothérapie
Les bactériophages sont des virus qui infectent et tuent les bactéries. Ils se fixent sur un hôte cible, injectent leur ADN, détournent la machinerie de la cellule pour se répliquer, puis la font éclater, ce qui permet de libérer leur descendance.
Nous caractérisons les phages et leurs hôtes pour identifier les bons candidats pour la phagothérapie.
Les bactériophages (ou phages) ont été découverts au début du XXe siècle. Ils peuvent être utilisés pour contrôler les bactéries dans de nombreux domaines : santé humaine, sécurité sanitaire des aliments, agriculture, élevage, cosmétique : c’est la phagothérapie. Ils constituent une alternative aux antibiotiques efficace, respectueuse de l’environnement, pour éviter les millions de morts que causent progressivement les résistances bactériennes aux antibiotiques.
Les analyses bio-informatiques jouent un rôle clef pour le développement de médicaments sûrs à base de phages. Les organismes de régulation tels que l’EMA et la FDA exigent ainsi des analyses poussées avant la mise sur le marché de nouveaux remèdes. Si ces études ne sont pas de qualité satisfaisante, l’accès au marché peut être ralenti ou bloqué.
Le développement de la phagothérapie se heurte toutefois à l’absence d’outils bio-informatiques capables de remplacer un travail manuel lent mais fiable et de traiter la complexité propre aux phages.
Sans outils performants, les données de faible qualité, les analyses lentes provoquent surcoûts et délais pour les projets de phagothérapie.
rTOOLS
rTOOLS fournit des résultats similaires à une annotation manuelle experte. Un benchmark contre la méthode d’annotation manuelle la plus performante a démontré qu’il était même capable de trouver en moyenne 7 fonctions de gènes supplémentaires par phage.
Annotation fonctionnelle, sur 27 phages (Culot, Abriat & Furlong K.P., Viruses 2025).
Ce que nous livrons
- Des résultats d’annotation complets, et reproductibles
- Du support pour les prochaines étapes de votre projet R&D ou de dépôt réglementaire
- Une compréhension en profondeur du génome d’un bactériophage
- La détection et caractérisation la plus précise du marché des prophages présents dans une souche hôte
Vous travaillez sur un phage thérapeutique ?
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Dérisquer et innover en fermentation par la génomique
La fermentation est un des domaines historiques de la biotechnologie. Elle joue un rôle clef dans la production d’une large gamme de produits, de l’agroalimentaire aux biocarburants.
Nous analysons les communautés microbiennes et la dynamique des fermentations à grande échelle, et identifions les leviers d’amélioration de la productivité, de la stabilité du procédé et de la qualité du produit.
La fermentation industrielle exploite les capacités métaboliques des levures et des bactéries pour produire une large gamme de produits : aliments, boissons, biocarburants et molécules à haute valeur ajoutée.
Dans ces systèmes de production, l’activité microbienne est affectée par plusieurs facteurs qui peuvent compromettre à la fois la qualité du produit et le rendement, tels que l’accumulation de métabolites indésirables ou l’induction de prophages.
Ces événements peuvent provoquer la dégradation ou la perte de la production, mais pourraient être évités à l’avance, grâce à une analyse génomique performante.
Nous proposons une solution innovante, qui permet d’exploiter pleinement les données génomiques et de les transformer en outils concrets de suivi, de prédiction et d’optimisation des procédés de fermentation, en favorisant une approche préventive plutôt que réactive.
Ce que nous livrons
- Diagnostic et résolution d’échecs de fermentation
- Analyse et valorisation industrielle des banques de souches
- Optimisation de la production par analyse métagénomique
Des problèmes en fermentation ?
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Exploration du microbiome par la génomique
Aucune bactérie ne vit seule. Les communautés microbiennes façonnent la santé, l’agriculture et les procédés industriels.
Nous cartographions ces écosystèmes par métagénomique et révélons la structure qui détermine leur fonction.
Les microbiomes forment des écosystèmes complexes, interagissant avec leurs hôtes : plantes, animaux, humains. Ils influencent ainsi les cycles biochimiques, le métabolisme, l’immunité, la productivité et la sensibilité au stress et aux maladies.
Pourtant, malgré la masse de données génomiques disponibles, une grande partie n’est pas analysée faute d’outils. Cette part ignorée du microbiote limite notre capacité à détecter les déséquilibres et à concevoir des interventions efficaces.
Nous proposons une analyse du microbiome capable de mettre en lumière la fraction virale, révélant ainsi des voies métaboliques et des interactions qui passent sous le radar des méthodes génomiques traditionnelles.
Ce que nous livrons
- Métagénomique intégrée bactéries + phages/prophages, unique, révélant les moteurs de dysbiose, d’inflammation et de réponse au traitement
- Caractérisation approfondie du microbiome pour les études cliniques, les analyses comparatives et le développement produit
- Lecture fonctionnelle par reconstruction de voies métaboliques et prédiction de fonction des protéines : identification des voies métaboliques menant aux molécules d’intérêt, pour guider la formulation de nouveaux produits
Cette expertise a déjà été appliquée à une cohorte clinique, et publiée dans un journal scientifique à comité de lecture.
Voulez-vous découvrir ce que vos données vous cachaient ?
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Développement algorithmique sur mesure
Avec l’augmentation de la vitesse de production de données, le facteur limitant l’obtention d’un résultat est fréquemment l’existence d’un outil capable de le produire : c’est la raison pour laquelle nous développons les nôtres.
Nous mettons à votre service la méthode de développement qui nous a permis de publier les algorithmes d’analyse les plus performants dans leur domaine.
Concevoir des solutions à la fois scientifiquement robustes et suffisamment fiables pour être utilisées dans un contexte opérationnel demande une combinaison rare en biologie, bio-informatique et développement logiciel. C’est exactement le cœur de métier des experts de Rime Bioinformatics.
Ce que nous livrons
- Pipelines d’analyse pour de nouveaux phénomènes biologiques
- Construction de bases de données curées sur mesure
Un problème qu’aucun outil existant ne résout ?
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